2009年4月1日下午15时，第二届世界佛教论坛闭幕式在台北小巨蛋盛大举行。来自世界各地的高僧大德汇聚小巨蛋体育馆参加闭幕式，中华宗教文化交流协会会长叶小文先生、中国佛教协会会长一诚长老、国际佛光会世界总会会长星云大师、香港佛教联合会会长觉光长老、凤凰卫视董事局主席刘长乐先生等出席了闭幕式。

    闭幕式开始全体起来合掌共同唱诵“三宝歌”。

    主办方代表吴伯雄在闭幕式上致辞，他说：“在第二届世界佛教论坛闭幕式发言是我一生当中最大的福报和荣幸。两岸之间应该搁置争议，求同存异，2300万台湾人同是炎黄子孙。正信的宗教信仰，有利于提升社会和谐，提升公民的道德标准与公德心。”

    同时，吴伯雄在致辞中也肯定了当代佛教机构在社会中发挥的不可取代的重要作用，向慈济、佛光山、法鼓山、灵鹫山等致敬。

    最后，吴伯雄代表马英九祝贺论坛成功，并感谢所有参会代表。