龚自珍到30岁前后，在学术思想上也发生了较大的变化。他从对正统派考据学严历地批判到坚决抛弃考据学，接受今文经学《春秋》公羊学派的影响，从刘逢禄学习，“从君烧尽虫鱼学，甘作东京卖饼家”（《杂诗，己卯自春徂夏在京师作，得十有四首》）。但他肯定考据学的有用的部分；同时也批判今文经学杂以谶纬五行的“恶习”，而主张“经世致用”，倡导学术要为现实政治服务。从此他更自觉地使学术研究密切地与现实政治社会问题联系，研究的课题更为广泛。他“为天地东西南北之学”，研究地理学，而特别致力于当代的典章制度和边疆民族地理，撰《蒙古图志》，完成了十之五六；对现实政治社会问题也提出了积极的建议，写《西域置行省议》和《东南罢番 主张抵抗外国资本主义侵略和巩固西北边疆。随着生活经验和历史知识的增长，以及政治、学术思想的逐渐成熟，他深入探讨了天地万物以及社会文化的起源和发展问题，并把经史、百家、小学、舆地以及当代典章制度的研究，完全统一起来，形成一个相当完整的历史观。他说：“周之世，官大者史。史之外无有语言焉；史之外无有文字焉；史之外无人伦品目焉。史存则周存，史亡而周亡。”（《古史钩沉论二》）这里有前辈章学诚“六经皆史”观点的影响，但比章说更扩大、通达、完整，更有科学性和战斗性。他把古代的一切历史文化的功罪完全归结到史官，并以当代的史官即历史家自任。他认为史官之所以可尊，在于史官能站得高，从全面着眼，作客观的、公正的现实政治社会的批判。这实际是要使历史和现实政治社会问题即“当今之务”联系起来，应用《春秋》公羊学派变化的观点、发展的观点，在“尊史”的口号下，对腐朽的现实政治社会作全面的批判。这就是他在《尊隐》里所尊“横天地之隐”的具体化。与此同时，他继续不断地关心现实政治社会的重大问题，不断地提出批判和建议，始终没有与庸俗官僚同流合污。道光九年(1829)殿试《对策》中，他肯定经史的作用，更指出经史之用必以现实问题为依据，“不通乎当世之务，不知经史之施于今日之孰缓、孰亟、孰可行、孰不可行也”；对现实问题，特别关切西北边疆和东南海防，要求皇上“益奠南国苍生”，“益诫西边将帅”。同年十二月，有《上大学士书》，建议改革内阁制度。他对腐朽的官僚机构和庸俗官僚深恶痛绝。道光十二年(1832)夏，又有手陈“当今急务八条”，其中之一就是“汰冗滥”（《己亥杂诗》自注）。道光十八年(1838)，林则徐奉命到广东海口查禁鸦片，他作了《送钦差大臣侯官林公序》，向林则徐“献三种决定义，三种旁义,三种答难义,一种归墟义”。主张严禁鸦片，坚决抵抗英国侵略者;主张和外国作有益的通商，严格禁止奢侈品的输入；并驳斥了僚吏、幕客、游客、商贾、绅士等等各式投降派的有害论调。在中英鸦片战争发生后，江苏巡抚梁章巨驻防上海，他在丹阳书院于暴死前数日写信给梁“论时事，并约即日解馆来访，稍助筹笔”（梁章钜《师友集》卷六《仁和龚定盦主事》条），表示希望参加梁章巨的幕府，共同抵抗英国侵略者，更表现出坚决反抗外国侵略的爱国主义精神。
